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(一)综合管理部门
1.办公室(安全保密处)
2.科学技术处(项目管理处)
3.财务处
4. 装备基建处
5.人事教育处
6.党委办公室(群团处)
7.纪检审计处
(二)技术业务部门
1.自然资源分析研究室
2.同位素分析研究室
3.能源资源分析研究室
4.生态修复技术研究室
5.健康地质研究室
6.计量标准化研究室
7. 质量监控研究室
8.信息化室